1С-Битрикс устроен так, что в главном модуле можно закрыть или открыть публичную часть для всех сайтов. В случае глобального закрытия публичной части, у необходимого сайта активируйте опцию "Заменить стандартную заглушку".
Если вам нужно закрыть только конкретный сайт, то в настройках заглушки для этого сайта активируйте опцию "Закрыть сайт". Сайт будет закрыт для посетителей (кроме админов), даже если публичная часть сайтов открыта.